設置の年代は明らかではありませんが、正保4年(1647年)に深川番所の任命が行われていることから、その頃と考えられています。
江戸から小名木川を通り利根川水系を結ぶ流通網は、寛永年間(1624年〜44年)にはすでに整いつつあり、関東各地から江戸に運ばれる荷物は、この場所を通り、神田・日本橋などの中心部へ運ばれました。こうしたことから、江戸への出入り口としてこの地に置かれたことと思われます。
明暦3年(1657年)の大火後、江戸市街地の拡大や本所の堀割の完成などに伴い、寛永元年(1661年)中川口に移転しました。以後中川番所として機能することとなり、川船番所は元番所と通称されました。
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